安全性和私密性是 Apple Pay 的核心所在。苹果的安全支付方式来自用户的指纹。与直接进行刷卡交易不同的是，每次在 iPhone 和 iPad 上进行支付，都需要使用 Touch ID 或密码，使用 Apple Watch 支付也必须先解锁，这些只有用户本人才能完成。实际上Apple Pay说的直白一点就是一个“卡包”，它的功能就是把实体的银行卡虚拟到你的手机里。添加信用卡或借记卡时，实际的卡号既不存储在设备上，也不存储在 Apple 的服务器上。系统会分配一个唯一的 Device Account Number 设备帐号，对该帐号进行加密，并以安全的方式将其存储在设备上的 Secure Element 安全芯片中。每次交易都使用一次性的唯一动态安全码进行授权。如果用户的iPhone 或 iPad 不慎丢失或被盗，可以使用“查找我的 iPhone”迅速将它们设为“丢失模式”，便可停止这些设备上的 Apple Pay 功能，或者完全抹掉这些设备上的信息。另外还可以通过 iCloud，停止在 iPhone、iPad 或 Apple Watch 上使用信用卡和借记卡进行支付，方法很简单，只需登录iCloud.com 并点击“设置”即可。
